La RENAF para facilitar su articulación y desempeño, está organizada en Nodos Regionales que son un espacio de articulación entre organizaciones, son ellas mismas las que deciden su funcionamiento interno para la comunicación, consultas y acciones colectivas en la implementación de la Agricultura Familiar en sus territorios.
Actualmente la RENAF cuenta con los nodos de:
- Nodo Antioquia
- Nodo Santander
- Nodo Caribe (Golfo de Morrosquillo)
- Nodo Cauca
- Nodo Valle
- Nodo Cundinamarca
- Nodo Huila
- Nodo Caquetá
- Nodo Putumayo
- Nodo Meta
- Nodo Eje Cafetero (Armenia, Pereira y Manizales)
- Nodo Chocó
- Nodo Tolima
- Nodo Boyacá.